Специалисты биологического факультета МГУ вместе с коллегами создали молекулярную модель комплекса нуклеосомной ДНК с белком ее «починки» — поли(АДФ-рибозо)полимеразой (ПАРП), говорится на сайте учебного заведения. Подобные сложные структуры невозможно получить традиционными методами кристаллографии, но они крайне важны как для изучения механизмов взаимодействия белков репарации с ДНК, так и для разработки лекарств, подавляющих такое взаимодействие.
Препараты, тормозящие активность ПАРП, работают по-разному. Одни препятствуют присоединению ПАРП к поломанной ДНК, а другие нарушают создание специального вещества, которое привлекает ремонтные белки к месту повреждения. Нарушение контакта ПАРП с ДНК считается многообещающим методом создания новых лекарств против рака. Такие препараты разрабатываются в МГУ, но для успешного проектирования важно иметь точную модель, подробно отображающую взаимодействие молекул.
Активируется ПАРП только тогда, когда прикрепляется к дефектному участку ДНК. Ученые исследуют этот процесс, используя элементарные составляющие хромосом (нуклеосомы). Чтобы изучить связь ПАРП с ДНК и ингибиторами, применяются разные методы анализа, включая spFRET-микроскопию и вестерн-блоттинг. Затем результаты дополнительно обрабатываются с помощью компьютерных моделей, позволяющих рассмотреть молекулы и их части детально. Так специалисты построили модель соединения ПАРП с нуклеосомой, благодаря которой можно исследовать контакты даже на уровне отдельных атомов.
«Полученный комплекс ПАРП с ДНК является подходящей моделью для дальнейшего поиска противоопухолевых ингибиторов, блокирующих данное взаимодействие. Нашей группой ведутся подобные работы с целью создания отечественного препарата на основе ингибитора ПАРП, уже получены первые прототипы», — комментирует Дмитрий Нилов, ведущий научный сотрудник НИИ физико-химической биологии имени А. Н. Белозерского МГУ.
Ранее ученые обнаружили удивительную связь между свинцом и эволюцией человека.
