Новое приложение для смартфонов под управлением Android позволяет анализировать геном возбудителя COVID-19 — SARS-CoV-2 — менее чем за полчаса. Об этом сообщает Phys.org.
Ультрасовременные устройства с нанопорами позволили ученым считывать или «секвенировать» генетический материал во внелабораторном образце, однако для анализа необработанных данных по-прежнему требовался доступ к высокопроизводительным вычислительным мощностям. Приложение Genopo, разработанное Институтом медицинских исследований Гарвана в сотрудничестве с Университетом Перадения в Шри-Ланке, делает геномику более доступной для отдаленных регионов или регионов с ограниченными ресурсами, а также больниц.
«Не у всех есть доступ к высокопроизводительным вычислительным мощностям, которые требуются для анализа ДНК и РНК. Однако у многих людей есть доступ к смартфонам», — отметила доктор Ира Девесон из Института Гарвана. Исследование, посвященное работе новой программы опубликовано в журнале Communications Biology.
«Быстрый анализ генома в реальном времени сегодня как никогда важен, поскольку является основным методом отслеживания распространения коронавируса. Наше приложение делает геномный анализ более доступным, буквально помещая технологию в карманы ученых по всему миру», — подчеркнула Девесон.
Как пояснили разработчики Genopo, программа объединяет ряд доступных инструментов биоинформатики в единое приложение, уменьшенное для работы на вычислительной мощности обычного гаджета. Genopo можно скачать в Google Play.
В среднем Genopo тратит 27 минут на определение полной последовательности генома SARS-CoV-2 из необработанных данных. Исследователи говорят, что это позволяет изучать вирус непосредственно в местах оказания медицинской помощи больным. Также приложение можно использовать для профилирования метилирования ДНК — модификации, изменяющей активность гена, — в образце генома человека.
Это тоже интересно: